R包开发

内容概要

作者简介：

Hadley Wickham

RStudio的首席科学家，莱斯大学的助理教授，资深Ｒ社区成员，已开发了30多个R包。因在数据处理和可视化开发工具方面的卓越贡献，获得专为统计计算而设立的约翰•钱伯斯奖。

译者简介：

杨学辉

自由程序员，译者，独立博客——猎数博客——的博主。数学系毕业的技术爱好者，兴趣广泛，致力于学习和开发新的技术，以便高效地解决现实生活中的实际问题。深入的了解和交流，可以访问他的博客: http://www.bagualu.net。

书籍目录

中文版推荐序一 　　xi

中文版推荐序二 　　xiii

译者序 　　xv

前言 　　xvii

第一部分　入门

第1章　简介　　2

1.1　开发理念　　3

1.2　入门　　3

1.3　约定　　4

1.4　版本记录　　5

第2章　包的结构　　6

2.1　给包命名　　6

2.1.1　命名的要求　　6

2.1.2　命名的策略　　6

2.2　创建一个包　　7

2.3　RStudio 项目　　9

2.4　什么是包　　12

2.4.1　源码包　　12

2.4.2　压缩包　　12

2.4.3　二进制包　　13

2.4.4　已安装的包　　15

2.4.5　内存中的包　　15

2.5　什么是库　　16

第二部分　包的组件

第3章　R 代码　　20

3.1　R 代码的工作流程　　20

3.2　组织函数　　21

3.3　代码风格　　21

3.3.1　对象名称　　22

3.3.2　空格　　23

3.3.3　花括号　　24

3.3.4　行的长度　　24

3.3.5　缩进　　24

3.3.6　赋值表达式　　25

3.3.7　注释指南　　25

3.4　顶层代码　　26

3.4.1　加载代码　　26

3.4.2　R 运行环境　　27

3.4.3　何时需要副作用　　28

3.4.4　S4 类、泛型和方法　　29

3.5　CRAN 注记　　29

第4章　包的元数据　　31

4.1　依赖：包需要什么　　32

4.1.1　版本　　33

4.1.2　其他依赖　　34

4.2　标题和描述：包是做什么的　　34

4.3　作者：你是谁　　36

4.4　许可证：谁能使用包　　37

4.5　版本　　38

4.6　其他域　　39

第5章　对象文档　　40

5.1　文档工作流程　　41

5.2　另一个文档工作流程　　42

5.3　ro　　xygen 注释　　43

5.4　函数文档　　45

5.5　数据集文档　　47

5.6　包文档　　47

5.7　类、泛型和方法的文档　　47

5.7.1　S3　　47

5.7.2　S4　　48

5.7.3　RC　　49

5.8　特殊字符　　49

5.9　不要重复自己　　50

5.9.1　从其他函数继承参数　　50

5.9.2　在同一文件中为多个函数提供文档　　51

5.10　文本格式参考　　52

5.10.1　字符格式　　52

5.10.2　链接　　52

5.10.3　列表　　52

5.10.4　数学符号　　53

5.10.5　表　　53

第6章　使用指南：长篇文档　　54

6.1　使用指南工作流程　　55

6.2　元数据　　56

6.3　Markdown　　56

6.3.1　章节　　57

6.3.2　列表　　57

6.3.3　内联格式　　58

6.3.4　表格　　58

6.3.5　代码　　59

6.4　knitr　　59

6.5　开发周期　　62

6.6　写使用指南的建议　　62

6.7　CRAN 注记　　63

6.8　下一步　　63

第7章　测试　　65

7.1　测试工作流程　　66

7.2　测试结构　　67

7.3　编写测试　　70

7.3.1　测试什么　　71

7.3.2　跳过测试　　71

7.3.3　建立自己的测试工具　　72

7.4　测试文件　　73

7.5　CRAN 注记　　74

第8章　命名空间　　75

8.1　动机　　75

8.2　搜索路径　　76

8.3　命名空间　　78

8.4　工作流程　　79

8.5　导出　　80

8.5.1　S3　　81

8.5.2　S4　　81

8.5.3　RC　　82

8.5.4　数据　　82

8.6　导入　　82

8.6.1　R 函数　　82

8.6.2　S3　　83

8.6.3　S4　　83

8.6.4　编译过的函数　　83

第9章　外部数据　　84

9.1　导出的数据　　84

9.2　内部数据　　86

9.3　原始数据　　87

9.4　其他数据　　87

9.5　CRAN 注记　　87

第10章　编译过的代码　　88

10.1　C++　　88

10.1.1　工作流程　　89

10.1.2　文档　　90

10.1.3　导出C++ 代码　　91

10.1.4　导入C++ 代码　　91

10.1.5　最佳实践　　91

10.2　C　　92

10.2.1　.Call() 入门　　92

10.2.2　.C() 入门　　94

10.2.3　工作流程　　95

10.2.4　导出C 代码　　95

10.2.5　导入C 代码　　96

10.2.6　最佳实践　　97

10.3　调试编译过的代码　　97

10.4　makefile　　99

10.5　其他语言　　100

10.6　许可　　100

10.7　开发工作流程　　100

10.8　CRAN 的问题　　101

第11章　安装文件　　102

11.1　包引用　　103

11.2　其他语言　　104

第12章　其他组成部分　　105

第三部分　最佳实践

第13章　Git 和GitHub　　108

13.1　RStudio、Git 和GitHub　　109

13.2　初始设置　　110

13.3　创建本地的Git 仓库　　111

13.4　查看改变　　113

13.5　记录改变　　114

13.6　提交的最佳实践　　117

13.7　忽略文件　　118

13.8　撤销一个错误　　118

13.9　与GitHub 同步　　120

13.10　使用GitHub 的好处　　121

13.11　与他人合作　　122

13.12　问题　　124

13.13　分支　　124

13.14　创建拉请求　　125

13.15　向另一个仓库提交拉请求　　127

13.16　审查和接受请求　　129

13.17　更多内容　　129

第14章　自动检查　　131

14.1　工作流程　　131

14.2　检查　　132

14.2.1　检查元数据　　132

14.2.2　包的结构　　133

14.2.3　描述　　134

14.2.4　命名空间　　136

14.2.5　代码　　136

14.2.6　数据　　138

14.2.7　文档　　139

14.2.8　演示　　140

14.2.9　编译过的代码　　140

14.2.10　测试　　141

14.2.11　使用指南　　141

14.3　使用Travis 进行每次提交后的检查　　143

14.3.1　基本配置　　143

14.3.2　其他用途　　144

第15章　发布包　　145

15.1　版本号　　145

15.2　向后兼容　　146

15.3　提交过程　　148

15.3.1　测试环境　　149

15.3.2　检查结果　　150

15.3.3　反向依赖　　150

15.4　CRAN 的政策　　151

15.5　重要文件　　152

15.5.1　README.md　　152

15.5.2　README.Rmd　　152

15.5.3　NEWS.md　　153

15.6　发布　　154

15.6.1　关于提交失败　　154

15.6.2　二进制包编译　　155

15.7　准备下一个版本　　156

15.8　宣传包　　156

15.9　祝贺你　　157

作者简介

本书是一本开发理念与开发实例相结合的实用指南，主要内容包括：R包基础知识介绍，包的基本结构和可能形式，R代码，包的元数据，对象文档，长格式文档，数据，命名空间，编译过的代码，Git和GitHub，发布包，等等。其目的是教会你如何开发包，让你可以开发自己的包，而不只是使用别人的包，进而从R包的使用者蜕变成R包的开发者。

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